Für den Dirigenten und Pianisten Michael Wendeberg ist der Umgang mit dem Konzertrepertoire von Bach bis Boulez ebenso selbstverständlich wie die intensive Beschäftigung mit neuer und neuester Musik. Zum Beginn der Saison 2025/26 dirigiert er beim Festival Klangspuren Schwaz, ehe er mit der Wiederaufnahme von Vito Žurajs Blühen an die Oper Frankfurt zurückkehrt. In der zweiten Hälfte der Saison leitet er am Theater Dortmund die Uraufführung von Sarah Nemtsovs Wir (We), die in der Inszenierung von Eva-Maria Höckmayr auf die Bühne kommt. Daneben gastiert er mit dem Klangforum Wien in Tongyeong, dirigiert das Remix Ensemble in Porto sowie Zenders Winterreise mit Julian Prégardien und dem Ensemble Modern. Außerdem ist er mit Bartóks Der wunderbare Mandarin sowie Werken von Illés, Hren und Isabel Mundry erneut bei der Slowenischen Philharmonie in Ljubljana, Villach und Maribor zu Gast. Als Pianist führt er Anfang 2026 in Berlin das gesamte Solowerk von Johannes Brahms und Ende 2025 im Pierre Boulez Saal alle Solowerke von Pierre Boulez auf.
Als gefragter Gastdirigent arbeitete er unter anderem mit den Sinfonieorchestern des SWR, WDR und MDR, dem Rundfunk-Sinfonieorchester Berlin, der Jungen Deutschen Philharmonie, dem Mahler Chamber Orchestra, dem Asko|Schönberg Ensemble, dem Ensemble intercontemporain, der Birmingham Contemporary Music Group, der Sinfonietta Basel, dem Estonian National Symphony Orchestra und der Staatskapelle Berlin. 2022 gab Michael Wendeberg sein Debüt beim Tokyo Symphony Orchestra mit Debussys Jeux und der Uraufführung von Isabel Mundrys Violakonzert mit Nils Mönkemeyer. 2023 sprang er sowohl am Klavier als auch am Dirigentenpult für Daniel Barenboim ein, bei Konzerten mit Werken von Mozart, Boulez und Manoury mit dem Boulez Ensemble in Berlin und in der Pariser Philharmonie. Beim Lucerne Festival, der Münchner Biennale, dem Beethovenfest Bonn, den Bregenzer Festspielen, der Biennale von Venedig, dem ECLAT Festival Stuttgart, dem Ultraschall Festival Berlin, dem Festival Acht Brücken in Köln und bei Wien Modern war er mit verschiedenen Programmen zu Gast. Von 2011 bis 2018 war er directeur musical des Ensemble Contrechamps in Genf.